《极上生徒会》讲述兰堂梨乃自从父母双亡后，就与手中操纵的布偶小布相依为命。某天，通过笔友波比特先生的介紹，梨乃決定转入坐落于宫神半岛的宫神学园就读。当抵达半岛上时，梨乃却发现波比特先生提供的公寓已被烧

故事发生在一座风景秀丽的小岛之上，古森太郎（小野贤章 配音）、中岛匡幸（福山润 配音）和大神信（保志总一朗 配音）是生活在这里的三位少年，每个人都有一段不愿意回忆的悲伤过往。